Εκτρέφεται κυρίως στη νήσο Κρήτη, πλην όμως και σε άλλα νησιά (Κυκλάδες, Δωδεκάνησα) εκτρέφονται άλογα που προέρχονται από τη Κρήτη. Επίσης, στην Κρήτη έχουν εισαχθεί τα τελευταία χρόνια, λόγω της αναπτυσσόμενης ζήτησης, άλογα από τη Θεσσαλία και κυρίως την Πελοπόννησο σε μικρό αριθμό. Το Κρητικό άλογο ή Μεσσαράς, όπως συνηθίζεται να καλείται στην περιοχή, εκτρέφεται σχεδόν σε όλο το νησί κ αι το βρίσκει κανείς σχεδόν με την ίδια συχνότητα σε πεδινές, ημιορεινές και ορεινές περιοχές του νησιού.
Το μέγεθος και ο όγκος διαφόρων τμημάτων του σώματος (κεφαλή, λαιμός, κορμός, άκρα) βρίσκονται σε αρμονική συμμετρία μεταξύ τους, γεγονός που καθιστά το Κρητικό άλογο πολύ όμορφο και εντυπωσιακό, φαινοτυπικά. Είναι άλογο μετρίου αναστήματος με ύψος ακρωμίου στα ενήλικα αρσενικά 1,38 έως 1,42 μέτρα και 1,32 έως 1,36 στα θηλυκά, περίπου. Η εντυπωσιακή εμφάνιση και γενικά η ομορφιά του αλόγου αυτού οφείλεται, πιθανόν, στο μεγάλο ποσοστό γονιδίων του αραβικού αλόγου με το οποίο παλαιότερα είχε διασταυρωθεί σε μεγάλη κλίμακα από τους ξένους κατακτητές του νησιού.
Το χρώμα, που επικρατεί στο Κρητικό άλογο, είναι το ορφνό με λίγες σχετικές αποχρώσεις (μελανό, βαθύ, καστανό και κοινό), πλην όμως υπάρχουν κα άλογα σε αποχρώσεις του φαιού (βαθύ, μηλωτό και ανοικτό). Ιδιαίτερα χαρακτηριστικά χρωματισμού δεν συναντώνται συχνά, ενώ απεναντίας φέρουν πολλές κορυφές στην κεφαλή, λαιμό, τράχηλο και κορμό.
Το σώμα του είναι ευρύ, μυώδες, εύρωστο και συμπαγές με μυϊκές μάζες στους γλουτούς και στις ωμοπλάτες, ομοιόμορφα ανεπτυγμένες. Το στήθος ευρύ και μυώδες αντανακλά την ισχυρή κράση και αντοχή του αλόγου αυτού. Η κεφαλή του, σε μέγεθος αρμονικό με το υπόλοιπο σώμα, καλύπτεται από λεπτό δέρμα με αποτέλεσμα να διαγράφονται καθαρά οι διάφορες χώρες της κεφαλής (οφθαλμοί, ρώθωνες, χείλη, παρειές), που σε συνδυασμό με το ιδιόμορφο έντονο βλέμμα του, να αποκτά χαρακτηριστική προσωπικότητα. Ορισμένα άτομα, ειδικά μεταξύ των επιβητόρων, παρουσιάζουν επιμήκη αβαθή κοιλότητα στο μέσον κα κατά μήκος της κεφαλής, αρχόμενης κάτω από τη νοητή γραμμή που ενώνει τους δύο οφθαλμούς και επεκτεινόμενη 10-15 εκατοστά προς τους ρώθωνες. Το χαρακτηριστικό αυτό θεωρείται από ορισμένους εκτροφείς ως ενδεικτικό γνώρισμα του καθαρόαιμου Κρητικού αλόγου.
Τα άκρα φέρονται παράλληλα μεταξύ τους και κάθετα προς το έδαφος, με οστέινο σκελετό και με δυνατές και καθαρές αρθρώσεις, το δε μέγεθός των είναι σε αρμονία με το σώμα τους. Οι οπλές του είναι σκοτεινού συνήθως χρώματος, σκληρές με στρογγυλή σχετικά κατατομή. Άλογα, που χρησιμοποιούνται από τους ιδιοκτήτες για γεωργικές εργασίες σπανίως πεταλώνονται.
Η χαίτη αναπτύσσεται σε μήκος και αποκλίνει πλάγια στην επιφάνεια του τραχήλου, συνήθως αριστερά. Πολλοί εκτροφείς την κουρεύουν κοντή γιατί την θεωρούν εμπόδιο.
Η ουρά φέρεται προς τα κάτω ομαλά και πολλοί εκτροφείς, ιδιαίτερα στους επιβήτορες, την αποκόπτουν μερικώς για λόγους εμφάνισης, έτσι ώστε όταν τρέχουν σε ιπποδρομίες ή συμμετέχουν σε εκθέσεις να φαίνεται συνέχεια του σώματος, επειδή ανορθώνεται οριζόντια μόνο το πρόσθιο τμήμα της ουράς κατά τον πλαγιοτροχισμό.
Ο πλαγιοτροχισμός (αραβάνι) είναι χαρακτηριστικό γνώρισμα του Κρητικού αλόγου και θεωρείται μάλιστα ως απαραίτητο γνώρισμα από τους ιπποτρόφους προκειμένου να θεωρηθεί το άλογο Κρητικό.
Γενικά, το Κρητικό άλογο είναι ζωηρό, νευρικό και ευερέθιστο και αντιδρά εύκολα στο πλησίασμα από αγνώστους. Ιππεύεται εύκολα γιατί, λόγω του πλαγιοτροχισμού, δεν αναπηδά τον αναβάτη έντονα όταν τρέχει σε ανώμαλο έδαφος. Έχει ισχυρή αντοχή και κράση και συνδέεται με τον ιδιοκτήτη του.
Η αναπαραγωγική περίοδος του Κρητικού αλόγου εκτείνεται από την αρχή της άνοιξης μέχρι την αρχή του θέρους, αν και οι περισσότερες φοράδες γονιμοποιούνται συνήθως το Μάιο. Ηλικία έναρξης της αναπαραγωγικής ζωής για τους επιβήτορες και φοράδες είναι συνήθως το 2ο έτος. Οι ιδιοκτήτες των φοράδων που χρησιμοποιούν τα ζώα τους για αγροτικές εργασίες σπανίως γονιμοποιούν τις φοράδες τους κάθε χρόνο. Συνήθως αφήνουν διάστημα 2-3 ετών και πολλές φορές παίρνουν μόνο ένα πώλο στη διάρκεια της ζωής τους. Η αναπαραγωγική ζωή της φοράδας εκτείνεται πολλές φορές μέχρι την ηλικία των 20 ετών. Επίσης οι επιβήτορες, που υπάρχουν σε μεγάλη αναλογία στον πληθυσμό (41,5%), ορισμένων εκτροφέων δεν χρησιμοποιούνται ποτέ για αναπαραγωγή ενώ άλλοι εκτροφείς εμπορεύονται τους επιβήτορες αναπαραγωγικά, εισπράττοντας από τους ιδιοκτήτες των φοράδων, που γονιμοποιούν επιτυχώς, σεβαστό ποσό χρημάτων. Ιδιαίτερα οι επιβήτορες, που διακρίνονται σε ιππικούς αγώνες και εκθέσεις και των οποίων ο φαινότυπος προσομοιάζει στις απαιτήσεις του Κρητικού αλόγου, τυγχάνουν πολύ εμπορικοί στη χρησιμοποίησή τους με αμοιβή για γονιμοποίηση φοράδων και παραγωγή πώλων. Πολύ σπάνια χρησιμοποιείται το Κρητικό άλογο για παραγωγή ημιόνων ή γίννων.