Εκτρέφεται ως καθαρόαιμο, κυρίως, στη νήσο της Σκύρου. Με απόφαση του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων απαγορεύεται η εξαγωγή από το νησί, τουλάχιστον των καθαρόαιμων (βάσει του ύψους ακρωμίου). Επίσης, εκτός της νήσου Σκύρου, σε διάφορες περιοχές της ηπειρωτικής Ελλάδας εκτρέφονται κάποια καθαρόαιμα και μερικά διασταυρωμένα σκυριανά άλογα, που προήλθαν από παράνομη εξαγωγή, κατά καιρούς, ορισμένων αλόγων από το νησί.
Το άλογο της Σκύρου μπορεί να θεωρηθεί ότι αποτελεί φαινοτυπικά μικρογραφία του Κρητικού αλόγου, γι΄αυτό αποκαλείται συνήθως «αλογάκι». Μικρόσωμο άλογο με ύφος ακρωμίου που κυμαίνεται στους επιβήτορες από 102 έως 122 εκατοστά (109 εκατοστά το μέσο ύψος ακρωμίου όλων των αρρένων στην Σκύρο) και στις φοράδες από 100 έως 119 εκατοστά (107 εκατοστά το μέσο ύψος ακρωμίου όλων των θηλυκών).
Το χρώμα που επικρατεί, όπως και στο Κρητικό άλογο, είναι το ορφνό (57% των αλόγων της Σκύρου) σε διάφορες αποχρώσεις (κοινό, βαθύ, καστανό και ορφνομελανό) και ακολουθεί το φαιό (19%) σε αποχρώσεις ερυθρόστικτο, πολύ ανοικτό και μηλωτό, το ερυθρόφαιο (16%) και το ξανθό (7%). Σπάνια βέβαια αλλά υπαρκτά είναι και άλλα χρώματα, όπως το ισαβέλειο και το υπομελανό. Ιδιαίτερα χαρακτηριστικά χρωματισμού συναντώνται κυρίως στα άλογα με ορφνό χρωματισμό ενώ απεναντίας όλα τα άλογα φέρουν διάσπαρτα κορυφές στην κεφαλή, λαιμό, τράχηλο και κορμό.
Το σώμα τους, μυώδες και συμπαγές, παρουσιάζει εντυπωσιακή για το μέγεθός τους δύναμη έλξης και δυσκολία στη χειραγώγησή τους.
Η κεφαλή, λεπτοκαμωμένη, καταλήγει σε λεπτά χείλη και ρώθωνες. Οι οφθαλμοί προέχουν και ατενίζουν το περιβάλλον με έντονο βλέμμα.
Τα άκρα είναι ισχυρά με δυνατές και σχετικά ογκώδεις αρθρώσεις και οι οπλές σκοτεινού χρώματος και σκληρές, γεγονός που επιτρέπει την μετακίνησή τους σε ανώμαλο και πετρώδες έδαφος χωρίς προβλήματα.
Ο τράχηλος, μυώδης, ευρύς και συμπαγής, προσδίδει χαρακτηριστική δύναμη έλξης με αποτέλεσμα να παρουσιάζει ιδιαίτερη δυσκολία στην χειραγώγησή του. Η χαίτη, μεγάλη σε έκταση και μήκος, ιδιαίτερα στους ενήλικες επιβήτορες καλύπτει ολόκληρη τη μια πλευρά του τραχήλου και κατέρχεται στα υπερήλικα αρσενικά, μέχρι σχεδόν του εδάφους. Πρόσθια η χαίτη επεκτείνεται στην μετωπική χώρα, κατερχόμενη συνήθως μέχρι τους οφθαλμούς. Τα αυτιά του αλόγου, εντόνως όρθια, προεξέχουν, εκατέρωθεν της μετωπιαίας χαίτης.
Η ουρά εντόνως θυσανωτή και μεγάλη σε μήκος φέρεται προς τα κάτω μέχρι το μέσον του μεταταρσίου και πολλές φορές αγγίζει τους κυνήποδες.
Γενικά το Σκυριανό αλογάκι είναι ζωηρό και νευρικό όπως και το Κρητικό άλογο, πλην όμως είναι ταυτόχρονα ήρεμο και ευάγωγο με τον ιδιοκτήτη του, με τα άτομα που γνωρίζει και ιδιαίτερα με τα παιδιά. Έχει ισχυρή κράση, είναι αρκετά λιτοδίαιτο και μπορεί να επιζήσει σε περιβάλλον όπου η βλάστηση είναι θαμνώδης και κακής ποιότητας, όπως είναι το περιβάλλον της νήσου Σκύρου, όπου ζει ελεύθερα για ένα διάστημα του χρόνου.
Η αναπαραγωγική περίοδος, όπως και στα άλλα εγχώρια άλογα, εκτίνεται από την αρχή της άνοιξης μέχρι την αρχή του θέρους. Το αλογάκι της Σκύρου είναι αρκετά γόνιμο και ενηβώνεται σχεδόν από το πρώτο έτος της ηλικίας του. Ο αριθμός των επιβητόρων στο νησί είναι δυσανάλογα μεγάλος (33,3% του πληθυσμού), έτσι ο ιδιοκτήτης κάθε φοράδας έχει μεγάλο φάσμα επιλογής επιβήτορα, εφόσον η φοράδα του σταβλίζεται. Απεναντίας, στην ελεύθερη διαβίωση της φοράδας στο «βουνό», μια περιοχή όπου αφήνονται ελεύθερα τα άλογα από Οκτώβρη μέχρι Μάιο, τότε η επίβαση είναι τυχαία και εξαρτάται από την ομάδα του επιβήτορα (χαρέμι) όπου η φοράδα συμβιώνει. Οι τοκετοί πραγματοποιούνται νωρίς την άνοιξη για τα ζώα που αφήνονται ελεύθερα τον χειμώνα, έτσι το θέρος οι φοράδες χρησιμοποιούνται από τους ιδιοκτήτες τους για γεωργικές εργασίες. Ο πώλος κατά τη γέννηση είναι πολύ μικρός και όμορφος αλλά πολύ ζωηρός και ακολουθεί τη φοράδα στις γεωργικές εργασίες. Λόγω του μεγάλου αριθμού των επιβητόρων, πολλοί από αυτούς δεν χρησιμοποιούνται στην αναπαραγωγή, αλλά διατηρούνται από τους ιδιοκτήτες τους απλά και μόνο για ευχαρίστηση και κοινωνική προβολή.
Τα κύρια προβλήματα που διαπιστώσαμε στην αναπαραγωγική διαδικασία στο αλογάκι στη Σκύρου ήταν τα ακόλουθα: